2002年《X档案》六年后,前联邦特工达纳·斯考利(吉莲·安德森·吉莲·安德森饰演)被调到一家教会医院当医生,而福克斯·穆德(大卫·杜楚尼·大卫·杜楚尼饰演)则过着隐居生活,时刻关注着超自然现象。一天,联邦调查局的特工来请求他们的照顾。过去,几名妇女在弗吉尼亚失踪,包括一名联邦特工。因为约瑟夫神父(比利·康诺利饰)声称看到了犯罪现场,联邦调查局希望对超自然案件有丰富经验的穆德和史卡利协助调查。然而,随着调查的深入,穆德和史高丽发现,案件的黑暗远远超出了他们的想象。合作多年的伙伴们面临着巨大的考验...本片是同名美剧的第二个剧场版。