柯南和小五郎率队前往太平洋美丽的“慎到”岛度假。这个岛自古流传,大致与沉没海底的古代遗迹“水下宫殿”和300年前两个女海贼留下的宝藏传说有关。小兰和园方不怕传。在“水下宫殿”附近潜水时,他们意外地遇到了一大群寻找宝藏的猎人。不料其中一只突然被鲨鱼袭击,不幸身亡!小兰和紫苑幸运地得到了庇护。柯南看到猎人离奇死亡,和阿沙拉一起展开调查。柯南认为猎人之死与宝藏传说有很大关系。他试图解开背后的原因,“水下宫殿”的谜题一直在他的脑海里。在他发现了一组奇怪的名词“海盗旗”后,他以为情况好转了,但是猎人突然出现,偷走了他发现的宝藏!小兰和园子都在猎人的魔掌中,性命攸关!传说中隐藏着什么信息?「水下宫殿」有什么秘密?通过300年的代码,柯南发誓要逐步解开这个谜。